أصدر الرئيس عبد الفتاح السيسي رئيس الجمهورية القرار رقم 207 لسنة 2016، بتشكيل لجنة مبادرة التعليم المصرية اليابانية، وتتولى اللجنة إعداد وتنسيق محتوى المبادرة، ووضع آليات تنفيذها ومتابعة تقييم الأداء، والنتائج بصفة دورية مع الجهات المعنية فى البلدين.