في نوفمبر 2014، استقبل البابا فرنسيس بابا الفاتيكان الرئيس عبد الفتاح السيسي في زيارة تاريخية، جاءت تقديرًا لمواقف البابا إزاء الانفتاح على الحوار مع الدين الإسلامي، والجهود التي يبذلها من أجل مكافحة الفقر والدفاع عن القضايا ذات الطابع الإنساني والتنموي، بالإضافة إلى مساعيه لوقف التدخل العسكري في سوريا.

ووجه البابا الدعوة إلى الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، لزيارة الفاتيكان، والتي لباها في مايو 2016، حيث كانت زيارة هامة وتاريخية اتسمت بالود، واتفق الطرفان فيها على استعادة الحوار بعد تجمده عدة سنوات، وإذكاء روح التسامح، والتعاون على نبذ الإرهاب.

واعتبر البابا فرنسيس العمال المصريين الذين ذُبحوا على يد "داعش" في فبراير 2015 "شهداء"، وذكر أنهم قُتلوا "لمجرد كونهم مسيحيين"، وأقام فورًا قداسًا في الفاتيكان على أرواحهم، منددًا ببذرة الخطيئة داخل الإنسان، ورغبة التدمير في قلوب الأشرار.

وفور تفجير الكنيسة البطرسية في 11 ديسمبر 2016، عزى البابا فرنسيس الرئيس السيسي والبابا تواضروس قائلًا: "إننا متحدون معًا في دماء شهدائنا"، وفي صلاة الأنجيلوس في ذات اليوم، رفع البابا صلواته من أجل "ضحايا الاعتداء الإرهابي الوحشي" بمصر.

جدير بالذكر أن زيارة بابا الفاتيكان لمصر تأتي تلبية لدعوة الرئيس السيسي التي وجهها له خلال زيارته السابقة للفاتيكان‎، حيث يرى أن مصر منبرا يمكن من خلاله توجيه رسائل للشرق الأوسط بأكمله.

ويترقب الجميع الزيارة المهمة للبابا فرانسيس الأول إلى مصر، خلال يومي 28 و29 من شهر أبريل الجاري، وهى زيارة تاريخية، لأنها تعد الأولى له منذ توليه مسؤولية الكنيسة الكاثوليكية، وتأتى الزيارة للاحتفال بمرور سبعين عامًا على بدء العلاقات الدبلوماسية بين مصر والفاتيكان، والتي تقدم صورة جيدة عن مصر ومجتمعها.