حدد الرئيس عبد الفتاح السيسي، هدف المجلس القومي لمواجهة الإرهاب والتطرف، في قراره إنشائه، بأنه يعمل على حشد الطاقات المؤسسية والمجتمعية للحد من مسببات الإرهاب ومعالجة آثاره.

ونصت المادة الثانية من قرار السيسي المنشور بالجريدة الرسمية منذ قليل، أن الرئيس السيسي يتولى رئاسة المجلس، على أن يضم في عضويته كلًا من رئيس مجلس النواب، ورئيس مجلس الوزراء، وشيخ الأزهر الشريف، وبابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، والقائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع والإنتاج الحربي، ووزراء كلًا من الأوقاف، والتضامن الاجتماعي، والشباب والرياضة، والخارجية، والداخلية، والاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، والعدل، والتربية والتعليم والتعليم الفني، والتعليم العالي والبحث العلمي.

كما يضم المجلس عضوية كلًا من رئيس جهاز المخابرات العامة، ورئيس هيئة الرقابة الإدارية، ويضم 14 عضوا من الشخصيات العامة، منهم خالد عكاشة، وهاني لبيب، والدكتورة هدي زكريا، والدكتور أسامة الأزهري، وضياء رشوان، والفنان محمد صبحي، واللواء فؤاد علام، واللواء محمد رجائي عطية، والدكتور أحمد عكاشة، والدكتور محمد صابر عرب، والدكتور عبد المنعم سعيد، والشاعر فاروق جويدة، والدكتور علي جمعة.