وانطلقت بطولة كأس أمم إفريقيا حينذاك يوم 20 يناير وانتهت يوم 10 فبراير من نفس العام 2006، وقد تأهل في هذه النسخة إلى دور المجموعات 16 منتخبًا هم:

"مصر "المستضيف"، وأنغولا، والمغرب، والكاميرون، ونيجريا، وجمهورية الكونغو الديمقراطية، والسنغال، وساحل العاج، وجنوب إفريقيا، وتوغو، وغانا، وتونس "حامل اللقب" في هذا الوقت، وغينيا، وزامبيا، وليبيا، وزيمبابوي"

بعد أن تم تقسيم المنتخبات المتأهلة إلى دور المجموعات إلى أربع مجموعات "أ،ب،ج،د" أسفرت قرعة كأس أمم إفريقيا على وقوع كلًا من:

المجموعة "أ" وضمت: مصر، وساحل العاج، والمغرب، وليبيا.

المجموعة "ب" الذي ضمت: الكاميرون، وجمهورية الكونغو الديمقراطية، وأنغولا، وتوجو.

المجموعة "ج" وضمت كلًا من: غينيا، وتونس وزامبيا، وجنوب إفريقيا.

ولعبت مصر أول مباريات البطولة بعد قرعة كأس أمم إفريقيا ضد ليبيا حينذاك في 20 يناير عام 2006، وتغلبت مصر عليها بثلاثية نظيفة، أحرز الأهداف وقتها: أحمد حسام ميدو نجم الزمالك السابق، الهدف الأول في الدقيقة 18، ومحمد أبوتريكة نجم النادي الأهلي السابق في الدقيقة 22، وسجل الهدف الثالث العميد أحمد حسن، لاعب النادي الأهلي ونادي الزمالك السابق.

ثم لعبت مصر المباراة الثانية لها يوم 24 يناير 2006، وكانت أمام منتخب المغرب، وإنتهت المباراة بالتعادل السلبي وقتها، ما جعل مصر وصيف مجموعتها عقب نتيجة هذا اللقاء.

وجاء يوم 28 يناير، الذي أقيم فيه أخرو أصعب مباريات المجموعة أمام منتخب ساحل العاج "كوديفوار"، والذي إنتصر فيه منتخب مصر بثلاثية مقابل هدف وحيد، أحرز أهداف منتخب مصر: عماد متعب، نجم النادي الأهلي السابق، في الدقيقة الثامنة من شوط المباراة الأول، في وقت مبكر جدًا من المباراة، وقبل إنتهاء الشوط الأول في الدقيقة 43 استطاع أرونا كونيه أن يسجل هدف التعادل لمنتخب كوديفوار، وبعد مرور 20 دقيقة من الشوط الثاني أحرز نجم النادي الأهلي السابق، محمد أبو تريكة هدف التقدم للفراعنة في الدقيقة 61، قبل ان يعزز عماد متعب مكسب منتخب مصر بهدف ثالث أنهى المباراة في الدقيقة 69.

وتقابلت مصر أمام جمهورية الكونغو الديمقراطية في ربع نهائي كأس أمم إفريقيا 2006، واستطاعت مصر أن تتخطاها بسهولة، وانتصر منتخب مصر حينذاك 4-1، سجل أهداف المنتخب الوطني: أحمد حسن، الذي سجل هاتريك، وعماد متعب هدف وحيد.

وفي دور نصف النهائي، انتصرت مصر على السنغال بنتيجة 2-1، بأقدام أ؛مد حسن، وعمرو زكي نجم نادي الزمالك السابق.

وفي المباراة النهائية تواجهت مصر أمام ساحل العاج مرة آخرى، في ظل سعي ساحل العاج للثأر من هزيمة دور المجموعات في نفس البطولة، حيث استطاعت مصر ان تضرب كوديفوار بثلاثية مقابل هدف عندما تقابلا في دور المجموعات، حيث وقعا سويًا في المجموعة "أ" وتأهلا سويًا عن نفس المجموعة.

وبعد أن انتهت مجريات المباراة بالتعادل السلبي بين المنتخبين، تم الاحتكام إلى ركلات الترجيح، والذي انتهت لصالح منتخب مصر 4-2 في هزيمة ثانية وجديدة لمنتخب ساحل العاج أمام الفراعنة، وقد أضاع أولى ضربات جزاء كوديفوار "دروغبا" لاعب نادي تشيلسي الانجليزي السابق، فيما سجل أخر ضربات المنتخب، أمير القلوب محمد أبوتريكة؛ ليكون هدف تحقيق بطولة كأس أمم إفريقيا للمرة الخامسة في تاريخ منتخب مصر.

وأحرز لقب هداف البطولة حينذاك "صامويل إيتو" 5 أهداف، بواقع هاتريك في أولى مباريات دور المجموعات في منتخب أنغولا، وهدف وحيد في كلًا من توغو، وجمهورية الكونغو الديمقراطية، حيث أحرز كل أهدافه في دور المجموعات من البطولة.

فيما حصل العميد، أحمد حسن، لاعب النادي الأهلي ونادي الزمالك السابق، على جائزة أفضل لاعب بـ بطولة كأس أمم إفريقيا 2006.

وقد حصل منتخب نيجريا على المركز الثالث في البطولة، بعد لعب مباراة فاصلة أمام منتخب السنغال.

وكانت هذه هي تشكيلة أفضل لاعبي بطولة كأس أمم إفريقيا 2006:

حراسة المرمى: عصام الحضري "منتخب مصر".

خط الدفاع: إيمانويل إيبوي "كوديفوار" - سونغ "الكاميرون" - وائل جمعة "مصر" - تاي تايوو "نيجريا".

خط الوسط: ستيفن أبياه :السنغال" - محمد أبوتريكة "مصر" - أحمد حسن "مصر" - فيندونو "غينيا".

خط الهجوم: دروغبا "كوديفوار" - صامويل إيتو "الكاميرون".