لكي يعاد تقسيم الإيبارشيات، فلابد من رسامة أساقفة جدد، وفي نوفمبر غالبًا يصلي البابا طقوس رسامة الأساقفة، ويبدأ اجتماعات المجمع المقدس الجديد بالأساقفة المدعوين للخدمة.

كما قام البابا بتأسيس عدة ايبارشيات جديدة فى أوروبا وهي اليونان، هولندا، جنوب فرنسا، باريس وشمال فرنسا، بالإضافة إلى إيبارشية ميسيسوجا بكندا.

ونورث وساوث كارولينا - نيويورك بأمريكا، أما في مصر فقد قام البابا بتقسيم إيبارشية الجيزة إلى خمس ايبارشيات وهى الجيزة وسط - شمال الجيزة - أكتوبر وأوسيم - أطفيح، طموه وتوابعها وتأسيس إيبارشية الوادي الجديد والواحات.

الوحدة المسيحية..

يؤمن البابا تواضروس إيمانًا عميقًا بقضية الوحدة المسيحية وفتح أفق للتواصل مع الكنائس المختلفة في العقيدة والإيمان، هذا التواصل الذي لا يعني الذوبان في الآخر، كما عمل على كسر الكثير من الحواجز وحاول التوافق مع الكثير من الكنائس غير التقليدية، وسار فى خطوات خارج السياق التقليدي والبروتوكولي الذي يتم فى الكنيسة القبطية منذ سنوات عديدة.

الدور الذي جعله يحصد من خلاله جائزة المؤسسة الدولية للوحدة بين الدول المسيحية الأرثوذكسية وسلمها له بطريرك موسكو في مايو الماضي، وهي جائزة تمنح للأشخاص والكيانات عن دورهم غير العادي فى تقوية الوحدة بين الدول المسيحية وتعزيز سبل التعاون بينهم.

الاعتراف بالأديرة..

دير العذراء ورئيس الملائكة بديروط، ودير مار بقطر بالخطاطبة للرهبان، دير الأنبا أنطونيوس بالنمسا، ودير الأم سارة للراهبات بالمنيا، ودير الشهيدة دميانة والأنبا موسيس بالبلينا للراهبات، ودير القديس العظيم الأنبا موسى القوى بطريق العلمين، ودير الأنبا متاؤس الفاخورى باسنا، ودير البتول للراهبات بملوي، ودير الأنبا مكاريوس الإسكندرى بجبل القلابي بالبحيرة.

لجان المجمع المقدس..

قام البابا تواضروس الثاني بإعادة هيكلة لجان المجمع المقدس إلى 9 لجان رئيسية، يتفرع منها 33 لجنة فرعية، واستحداث عدة لجان فرعية مثل: لجنة رعاية الموهوبين تتبع لجنة الرعاية، ولجنة العلاقات الإسلامية المسيحية تتبع لجنة العلاقات العامة، ولجنة الاعتراف بالقديسين تتبع لجنة الطقوس.

الاعتراف ببعض القديسين..

قام المجمع المقدس فى عام ٢٠١٣ بالاعتراف بقداسة كل من: البابا كيرلس السادس، الارشدياكون حبيب جرجس "رائد الكلية الأكليريكية"، وإقرار عيد شهداء العصر الحديث، حيث قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية اعتبار يوم ١٥ فبراير من كل عام عيدا للشهداء في العصر الحديث.

إصدار اللوائح..

أصدر عن المجمع المقدس عدة لوائح مهمة وهي: لائحة انتخاب البطريرك، ولائحة اختيار الكاهن، ولائحة انتخاب مجالس الكنائس، ولائحة انتخاب أمناء التربية الكنسية، ولائحة المرتلين، ولائحة المكرسين، ودليل الرهبنة القبطية، ودليل الأب الأسقف ونظم إدارة الإيبارشية.

البابا وسيامات الأساقفة..

خلال خمس سنوات قام البابا بسيامة عدد من الأساقفة ومنهم، الأنبا أنطونيوس، مطرانا للكرسي الأورشليمي والشرق الأدنى، الأنبا إبيفانيوس، أسقف ورئيس دير الأنبا مقار، والأنبا صموئيل أسقف طوة وتوابعها، والأنبا مقار، أسقف مراكز الشرقية والعاشر من رمضان، والأنبا دوماديوس، أسقف ٦ أكتوبر وأوسيم، والأنبا يوحنا، أسقف إمبابة والوراق، والأنبا زوسيما، أسقف أطفيح والصف وتوابعها، والأنبا يوليوس، الأسقف العام القاهرة، والأنبا ميشائيل، أسقف ورئيس دير الأنبا أنطونيوس كريف لباخ والكنائس التى حوله ألمانيا، والأنبا أرسانى، أسقف هولندا، والأنبا بيجول أسقف ورئيس دير المحرق.

العمل على عودة بعض الآباء الأساقفة.. 

قرر المجمع المقدس عودة الأنبا تكلا إلى إيبارشيته دشنا، بعد فترة طويلة قضاها فى ديره بعيدًا عن إيبارشيته.