ينص مشروع قانون التأمين الصحي الاجتماعي الشامل على التزامات الخزانة العامة عن غير القادرين، والتي تشمل قيمة اشتراك المؤمن عليهم من فئات غير القادرين، بما فيهم المتعطلون عن العمل غير القادرين وغير المستحقين أو المستنفذون لمدة استحقاق تعويض البطالة، وكذلك كل فرد من أفراد الأسرة المعالون، حيث تتحمل الخزانة نسبة 5% من الحد الأدنى للأجور المعلن عنه من الحكومة على المستوى القومي شهريا عن كل منهم.

وتشمل مصادر تمويل الهيئة المبالغ المتحصلة مقابل الخدمات الأخرى، التي تقدمها الهيئة بخلاف ما يتضمنه هذا القانون، وفقا لما يحدده مجلس إدارتها، إلى جانب المنح الخارجية والداخلية والقروض التي تعقدها الحكومة لصالح الهيئة، والهبات والإعانات والتبرعات والوصايا التي يقبلها مجلس إدارة الهيئة.

كما تشمل مصادر التمويل في مشروع القانون تحصيل 75 قرشا من قيمة كل علبة سجائر مباعة بالسوق المحلي سواء كانت محلية أو أجنبية الإنتاج، على أن يتم زيادة تلك القيمة كل ثلاث سنوات بقيمة 25 قرشا أخرى حتى تصل إلى جنيه ونصف، إلى جانب تحصيل 10% من قيمة كل وحدة مباعة من مشتقات التبغ غير السجائر.

وينص مشروع القانون على تحصيل جنيه واحد عند مرور كل مركبة على الطرق السريعة التي تخضع لنظام تحصيل الرسوم، و20 جنيها عن كل عام عند استخراج أو تجديد رخصة القيادة، و50 جنيها عن كل عام عند استخراج أو تجديد رخصة تسيير السيارات التي سعتها اللترية 6ر1 لتر، و150 جنيها عن السيارات التي سعتها اللترية 6ر1 وأقل من لترين، إلى جانب 300 جنيه عن السيارات التي سعتها اللترية لترين أو أكثر.

كما ينص مشروع القانون على تحصيل مبلغ يتراوح من 1000 إلى 15 ألف جنيه عند التعاقد مع النظام بالنسبة للعيادات الطبية ومراكز العلاج والصيدليات وشركات الأدوية، وفقا للقواعد التي تحددها اللائحة التنفيذية، و1000 جنيه عن كل سرير عند استخراج تراخيص المستشفيات والمراكز الطبية، إلى جانب 5% من قيمة مبيعات شركات الأدوية والأغذية وقيمة أعمال شركات المقاولات، و5% وبحد أدنى 5 جنيهات من قيمة كل وحدة مباعة (طن أو متر أو أي وحدة أخرى) من الأسمنت أو الحديد أو البتروكيماويات أو الأسمدة أو السيلكا والكيماويات والرخام والبورسلين والجرانيت المصنع محليا أو أجنبيا، وأية صناعات وخدمات أخرى يصدر بها قرار من مجلس الوزراء ولا تعد هذه الرسوم من التكاليف واجبة الخصم في تطبيق قانون الضريبة على الدخل، وتحدد اللائحة التنفيذية قواعد وضوابط تطبيق ذلك.

كما ينص مشروع القانون على تحصيل 50% من قيمة الإيرادات المحصلة عن لوائح تنمية الموارد الذاتية لتحسين كفاءة المستشفيات والصادر بالقرارات الوزارية رقم 239 لسنة 1997، و200 لسنة 2002.. كما ينص مشروع القانون على إصدار طابع دمغة بفئة 5 جنيهات باسم (نظام التأمين الصحي الاجتماعي الشامل)، على أن يستحق ذلك على الطلبات التي تقدم للهيئة وهيئة الرعاية وهيئة الاعتماد والرقابة.