أسماه رسول الله "الحسين"، وقال: "الحسين مني وأنا منه، من أحب الحسين أحبه الله، حسين سبط من الأسباط".

استشهد الإمام الحسين في كربلاء في موقعة "الطف" التي دارت بين أنصاره وجيش يزيد بن معاوية، وترجع أسباب الحرب إلى بعد وفاة معاوية بن أبي سفيان، فقد أرسل ابنه يزيد بن معاوية واليه علي المدينة الوليد بن عتبة بن أبي سفيان إلى الإمام الحسين ليأخذ منه البيعة ليزيد أي لكي يبايع الحسين يزيد بن أبي سفيان خليفة للمسلمين فرفض الإمام الحسين، وأصر أن تكون البيعة عامة ولا تقتصر عليه وحده وترك الحسين المدينة وانتقل هو وأهله إلي مكة ليكون بعيدًا عن أجواء التوتر.

وفي تلك الأثناء، رفض أهل الكوفة أن يتولي يزيد الخلافة خلفًا لوالده معاوية بن أبي سفيان، وأرسلوا إلى الحسين بن علي يريدون أن يبايعوه ليكون خليفة المسلمين.

أرسل الحسين ابن عمه مسلم بن عقيل بن أبي طالب إلى أهل الكوفة، ليعرف موقفهم واستعدادهم لمناصرته، ولكن يزيد بن معاوية علم بقدوم "مسلم"، فأرسل إلى واليه على البصرة ليتعقب مسلم بن عقيل ويقتله هو ومن أتى معه، فقتله وإلى البصرة وأرسل برأسه ورؤوس من جاءوا معه إلى يزيد في دمشق.

وفي يوم الثامن من ذي الحجة من عام 60 هجريًا، قرر الإمام الحسين الزحف إلى الكوفة، وشد من أزره آنذاك أهل مسلم بن عقيل ليأخذوا ثأره ممن قتله.

وفي كربلاء في العاشر من محرم سنة 61 هجريًا، دارت معركة حامية شارك فيها أكثر من ألف فارس من أتباع عبيد الله بن زياد والي البصرة من ناحية يزيد بن معاوية، وانضم إليهم أربعة آلاف مقاتل، أما أتباع الحسين بن علي فقد كانوا قلة فلم يخرج أهل الكوفة للقتال معه، ولم يثبت معه إلا ثمانون رجلاُ قتلوا جميعًا وقتل إمامهم الحسين وفصلت رأسه عن جسده وسبيت نساء بيته من أخواته وبناته وأرسلن جميعًا إلى يزيد بن معاوية في دمشق.

وبالنسبة لجسد الإمام الحسين رضي الله عنه، فقد خرج قوم من بني أسد في العراق إلى ميدان الموقعة وقاموا بالصلاة علي سيدنا الحسين وأهل بيته ممن استشهدوا معه، ثم قاموا بدفن الجثمان حيث موضعه اليوم بكربلاء.

مسجد الإمام الحسين بكربلاء العراق..
أما رأسه التي أُرسلت إلى يزيد بن معاوية، قال المقريزي إن الرأس مكث مصلوبًا بدمشق ثلاثة أيام ثم أٌنزل في خزائن السلاح حتى ولي سليمان بن عبد الملك، فبعث فجئ به وقد صار عظمًا أبيضًا فجعله في سفط وطيبة وجعل عليه ثوبًا ودفنه في مقابر المسلمين.

وهناك قول آخر للمؤرخين، أن الرأس دفنت في مواضع كثيرة قبل أن تستقر في مدينة عسقلان في فلسطين، وعندما جاءت الحملات الصليبية على الشام وحاصر بلدوين الثالث مدينة عسقلان خشي الفاطميين أن يصل الصليبيين إلى رأس الحسين، فقامت الحامية الفاطمية في عسقلان بأخذ الرأس الشريف وحملتها إلى مصر، وذلك قبل دخول الصليبيين واستيلائهم على عسقلان عام 1153 م  548 ه.

وأمر الخليفة الفائز الفاطمي في مصر، بحفظ رأس الإمام الحسين في علبة في أحد سراديب قصر الزمرد، إلى أن تم بناء مشهد لها بالقرب من الجامع الأزهر الشريف، وذلك في عام 1154 م 549 ه، وهو المشهد الحسيني الموجود حاليًا مواجهًا لجامع الأزهر.

في بداية الأمر لم يكن هناك مسجد بجوار الضريح، ولكن الأمراء والحكام تسابقوا في عمارة الضريح وما حوله، حتى تحول إلى مسجد وزادوا في مساحته حتي وصل إلى شكله الحالي.

ويوجد الآن داخل الضريح حجرة التابوت التي بها رأس الإمام الحسين، ولقد وضعت الرأس داخل التابوت علي كرسي من الأبنوس وهي ملفوفة في برنس أخضر وحولها نصف أردب من الطيب لا يفقد رائحته أما التابوت فهو مصنوع من الخشب الساج الهندي ومكون من ثلاثة أجناب فقط ومدفون في الطبقة الثالثة من القبة.

وحاليًا لم يتبق من المشهد الفاطمي للإمام الحسين سوى أحد أبوابه المعروف باسم الباب الأخضر، والذي يقع بالقرب من الركن الجنوبي للضريح، ويعد أقدم أجزاء البناء ويرجع تاريخه إلى تاريخ بناء المشهد في العهد الفاطمي.