الشاي الأخضر رغم فوائده وتأثيره الذي يساعد على تخفيض الوزن وضغط الدم وتحسين الذاكرة، ولكنه أيضا يسبب أحيانا أضرارا جانبية.

وأشار عدد من الخبراء أن تناول مشروب الشاي الأخضر في وقت متأخر من الممكن أن يسبب الأرق، لأنه يحتوي على مادة الكافيين، وكذلك يسبب اضطراب ضربات القلب أو الخفقان، وهناك معطيات تفيد بأن الإفراط في تناول الشاي الأخضر يسبب القيء.

وأضاف باحثين من تايوان أن الشاي الأخضر يسبب نقص عنصر الحديد في الجسم أو فقر الدم، حيث يحتوي مشروب الشاي الأخضر على مركب البوليفينول المعروف باسم "Epigallocatechin gallate" الذي يسبب التهابات ويكبح إنزيم الميلوبيروكسيديز، وأيضا يحتوي على التانينات التي تمنع امتصاص الحديد الموجود في المواد الغذائية، ووفقا لعلماء من جامعة بنسلفانيا، قد تسبب مضادات الأكسدة البوليفينولية الموجودة في الشاي الأخضر خللا في عملية امتصاص الحديد.

وقال عدد من العلماء أن الشاي الأخضر يسبب حرقة المعدة، لأنه بطبيعته حامضي، لذلك فهو يسبب رد فعل حامضي، ويهيج المريء.