وتسعى الوزارة، لتوطيد العلاقة بين مصر والسودان عبر نهر النيل الذي يربط البلدين برباط قدرى وأبدى، كما تعمل على دعم هيئة وادى النيل للملاحة النهرية؛ لأنها تربط البلدين عبر هذا الشريان الحيوى منذ أكثر من 40 عاما، حيث أن النقل النهرى هو العامل الأساسى فى نقل البضائع من الجانبين.